“皇上英明。”吴有性说。
后来，吴有性还创立了三消饮，即达原饮再加大黄、羌活、葛根、柴胡、生姜、大枣而成，制成药水，给患病的老百姓喝。
袁嘉升还让地方父母官发布告，让老百姓注意家中通风，预防鼠疫的再次大爆发，还在城外建了四个集中营，发病的人统统送到城外的集中营隔离。
经过合理控制，北方的疫情终于平稳，控制住了。
袁嘉升论功行赏，要封吴有性当官。吴有性拒绝说：“臣本布衣，闲云野鹤惯了。危难时刻，能为国效力，已经很知足了。请允许我回归乡里，依旧为老百姓看病。”
“先生大才，光是看病，大材小用了，不如朕给你开一家医学院，你教授学生，为我大明培养千千万万的医生。你可以一边给老百姓看病，一边教学生。”
“臣谢主隆恩。”吴有性本来就有做学术的想法，愉快接受了袁嘉升的提议。
袁嘉升给吴有性设立了大明医学科学院，聘请他当院长，开馆授课。
之后，袁嘉升立即对明朝的内政进行了改革。最先做的就是改革军制，改变原来明朝重文轻武的局面。
袁嘉升借着宁远大捷和各地战事的捷报，大封功勋之将士，正式加封吴三桂为平西侯，封孙传庭为镇西侯，封唐通为定西侯，封姜镶为镇南侯，祖承志受封骁勇大将军，何勇智、满黑龙被封为骁骑大将军，他们依旧协助驸马巩永固统领新禁卫军。
对于武将的封侯，明朝之前是相当吝啬的，吴三桂最大也就封了个平西伯。想对比，历史上满清在对武将的封赏上就很大方，不仅满族人封王，对汉人那也是不遗余力的封赏，光封王的就有五个，吴三桂，孔有德、耿仲明、尚可喜，就连孙可望也封王，其他如公侯伯子男更是数不胜数。
袁嘉升还提拔宋权为兵部尚书，原兵部尚书张国维调为工部尚书。宋权本来是文官，但颇为武将风范，二十八岁就中进士，以忠孝清廉、正直而闻名天下。当年魏忠贤还活着，不少朝臣争请为他建立生祠。唯有宋权坚决拒绝，还多次犯颜上书。崇祯铲除魏忠贤后对宋权另眼高看，擢他任顺天巡抚，驻守遵化。历史上，宋权全力抵抗李自成的农民军，先后击杀、收降李自成农民军数千，遵化所辖4路21州县安然无恙。
袁嘉升在皇极殿为吴三桂、孙传庭、唐通、姜镶、祖承志、宋权等将领举行了盛大的加封仪式，并宣布改革大明兵制，这六位将领组成军部，任命为军部大臣，直接对皇帝负责。
那天在大殿上，袁嘉升面色严肃，说：“大家知道，现在大明的敌人，主要是有两个，一个寇，即李自成、张献忠之流，还有一个就是虏，即满清的八旗军。不过，此时大明可以以借虏打寇，估计剿灭贼寇只需要一年左右时间。现在正是大明得以喘息、改革的大好时机，朕希望大明的将士，集中力量收复河南、湖北、山东等失地，还要阻止张献忠的贼军入川。”